На настоящее время (начало 2006 г.) в России действует 101 государственный природный заповедник общей площадью около 340000 кв. км. во всех природных зонах от полярных пустынь до субтропиков в 70 субъектах Российской Федерации.

Первым государственным заповедником России официально считается Баргузинский, образованный в 1917 г., хотя несколько ранее был организован ныне не существующий Саянский заповедник, не оформленный правительственным постановлением. Заповедник - специфичная для СССР/России форма ООПТ, практически не имеющая аналогов в мире (недаром в зарубежных публикациях о российсих ООПТ все чаще встречается не перевод "reserve", а прямая транскрипция "zapovednik"). Только в России заповедник является не только охранямой территорией, но и научным учреждением.

"на территории государственных природных заповедников полностью изымаются из хозяйственного использования особо охраняемые природные комплексы и объекты (земля, воды, недра, растительный и животный мир), имеющие природоохранное, научное, эколого-просветительское значение как образцы естественной природной среды, типичные или редкие ландшафты, места сохранения генетического фонда растительного и животного мира.
Государственные природные заповедники являются природоохранными, научно-исследовательскими и эколого-просветительскими учреждениями, имеющими целью сохранение и изучение естественного хода природных процессов и явлений, генетического фонда растительного и животного мира, отдельных видов и сообществ растений и животных, типичных и уникальных экологических систем.
Земля, воды, недра, растительный и животный мир, находящиеся на территориях государственных природных заповедников, предоставляются в пользование (владение) государственным природным заповедникам на правах, предусмотренных федеральными законами."

31 российский заповедник имеют статус биосферных, то есть входит в международную сеть биосферных резерватов, осуществляющих глобальный экологический мониторинг (ст.10 закона об ООПТ). Основное их отличие от остальных заповедников - наличие на территориях, прилегающих к заповеднику, биосферных полигонов, где ведется ограниченное природопользование (преимущественно традиционное для региона, а также туризм и иные виды рекреационной деятельности).

Почти все заповедники (99 из 101) находятся в подчинении Департамента особо охраняемых природных территорий и объектов Министерства природных ресурсов Российской Федерации. Заповедник, "Ильменский Минералогический" находится в подчинении УРО РАН, заповедник "Галичья Гора" - в ведении Воронежского Государственнго Университета Министерства общего и профессионального образования Российской Федерации. Тем не менее, эти 2 заповедника представляют ряд отчетных материалов в вышеназванное Управление.

Каждый из государственных заповедников строит свою деятельность в соответствии с индивидуальным "Положением о заповеднике", отражающем особенности функционирования и режима охраны территории конкретного заповедника (например, регламентация туризма на территории, выделение зон ограниченного природопользования для обеспечения функционирования кордонов и др.).

Так же В России на настоящий момент действует 35 национальных парков в 36 субъектах РФ общей площадью около 70000 кв.км.

"1. Национальные парки являются природоохранными, эколого-просветительскими и научно-исследовательскими учреждениями, территории (акватории) которых включают в себя природные комплексы и объекты, имеющие особую экологическую, историческую и эстетическую ценность, и которые предназначены для использования в природоохранных, просветительских, научных и культурных целях и для регулируемого туризма.
2. Земля, воды, недра, растительный и животный мир, находящиеся на территории национальных парков, предоставляются в пользование (владение) национальным паркам на правах, предусмотренных федеральными законами."

В классическом понимании национальный парк имеет функциональное зонирование территории. На территории национального парка выделяются заповедное ядро, по режиму соответствующее природному заповеднику, рекреационную и буферную зоны, в которых разрешается хозяйственная деятельность различной интенсивности (туризм и иные формы рекреации, традиционное природопользование, щадящая сельскохозяйственная и лесоустроительная деятельность). На практике в ряде случаев роль заповедного ядра играет прилегающий к национальному парку природный заповедник (например, Баргузинский заповедник, прилегающий к Забайкальскому национальному парку).
В 2001 г. первый из российских национальных паков - "Водлозерский" получил статус биосферного резервата. Необходимо отметить, что статус национального парка ближе к международному пониманию биосферного резервата, чем статус заповедника, который "в чистом виде" может являться только заповедным ядром биосферного резервата, в котором по определению осуществляется ограниченная хозяйственная деятельность и должны присутствовать нарушенные экосистемы. В 2002 г. биосферными резерватами стали также национальные парки "Смоленское поозерье" и "Угра", позже - еще 2 национальных парка

Долгое время (до 2000 г.) национальные парки находились в большинстве своем в подчинении лесных ведомств и (или) регионов. В 2000 г. с упраздением федерального лесного ведомства все национальные парки были переподчинены
Департаменту особо охраняемых природных территорий и объектов Министерства природных ресурсов Российской Федерации.

Благодаря этому формы деятельности и отчетности национальных парков приняли единые формы, хотя процесс формирования единой программы деятельности национальных парков находится в стадии становления.